研究分野が違っても、問いの構造はある程度共通しています。自分の研究がどの「型」に属するかを確認し、その型が要求する要素が決まっているかを見てください。
各型の「問いを成立させるために決めること」は、論文に書く項目ではありません。問いを1文にする前に決めておく要素です。推定型で「何を推定するか」「何から推定するか」が決まっていなければ、問いは書けません。
決まると、二つのことが自動的に決まります。一つは Core Question の中身（03章 Step 2-3）。もう一つは必要なデータ——何を、どの条件で観測すべきか（03章「問いが決まると、必要なデータが決まる」）。要素が決まらないまま実験に入ると、取ったデータが問いに答えられないことが後でわかります。
"Can we infer X from Y?"
観測データから、直接見えない構造やパラメータを推定する問い。
問いを成立させるために決めること：X（推定したいもの）は何か／Y（観測できるもの）は何か／識別性はあるか／不確実性はどう扱うか
"What controls X?"
ある現象を支配する因果構造を明らかにする問い。
問いを成立させるために決めること：「支配する」をどう定義するか／因果と相関をどう区別するか／代替説明は何か
"Under what conditions is the model/assumption valid?"
モデルや仮定の適用範囲を問う。
問いを成立させるために決めること：何が仮定か／どの条件で破綻するか／何と比較して妥当と言うのか
"How sensitive is the prediction to uncertainty?"
予測や判断が不確実性にどの程度影響されるかを問う。
問いを成立させるために決めること：どの不確実性を扱うか（構造／パラメータ／データ）／意思決定とどう関係するか／単なる分散評価で終わっていないか
"How does micro affect macro?"
小スケールのプロセスが大スケールの挙動にどう影響するか。
問いを成立させるために決めること：どのスケールを接続するか／何が保存され何が失われるか／一般化可能性はあるか
"How does X evolve over time?"
時間的変化や相転移を扱う問い。
問いを成立させるために決めること：状態変数は何か／安定性・臨界点はあるか／初期条件依存性は
"How should we design a system/process to achieve X?"
構造理解を踏まえて設計に踏み込む問い。
問いを成立させるために決めること：目標状態は何か／設計原理は何か／操作と操作的誘導の境界は
仮説先行かデータ先行かという入口（02章）は、どの型を選ぶかを決めません。決めるのは、その型の問いにどう答えるかです。推定型なら、順問題のモデルを置いて逆解析する（仮説先行）か、観測から推定量への写像をデータから学習する（データ先行）か。機構型なら、機構を仮説として置いて検証するか、支配因子をデータから探すか。どちらの入口でも問いは同じですが、「決めること」の中身——とくに識別性と不確実性の扱い——と、必要なデータの形が変わります。例外は妥当性型と不確実型で、いずれもモデルの存在を前提とするため、仮説先行が自然です。
入口を決めるのは、型を選んで「決めること」を埋める段階です。手持ちのデータやモデルから入口を先に決めると、問いがその道具で答えられる範囲に縮みます。
型が決まらない場合は、問いがまだ曖昧です。要素が決まらない場合は、Step 1（分野を調べる）に戻ってください。
理解のための例です。型は上の A〜G で考えてください。
何を書くべきか／どのジャーナルに出すべきか／どのデータが必要か。型を意識するのは流行に乗るためではなく、自分の問いの構造を明確にするためです。
何を集めるか：主要なレビュー論文（分野の信念）、直近3〜5年の代表論文5本以上（問いの型と暗黙の前提）、投稿候補の雑誌から似た論文3〜10本（書き方のパターン）
探し方：Consensus（質問文で検索、最初に試す）／Google Scholar（引用数、Geothermal AND "fluid transport" のような演算子）／Web of Science・Scopus（引用関係をたどる）／arXiv（プレプリント）。位置づけの調査では、参考になった論文の References と Cited by を追うのが最も効きます。
Comparison Table に落とす：先行研究／その主張／隠れた前提／限界／自分の更新。
管理：Zotero（無料、ブラウザ拡張、共有に強い）か Mendeley（PDF 整理、Word/LaTeX 連携）。1論文につき「自分の問いにどう関係するか」を1行残す。
投稿先を意識する：雑誌の Scope を理解し、Journal finder で候補を絞る。査読期間などの経験談は Scirev。